Η Φιλεκπαιδευτική Εταιρεία, ανταποκρινόμενη στο αίτημα τής τοπικής κοινωνίας και στο χρέος της προς τον ευεργέτη της Απόστολο Αρσάκη, ίδρυσε Αρσάκειο Σχολείο στα Ιωάννινα, με απόφαση τού Διοικητικού Συμβουλίου και τού Προέδρου της καθηγητή Γ. Μπαμπινιώτη.

Το σχολικό συγκρότημα των Αρσακείων Σχολείων Ιωαννίνων βρίσκεται στους Λογγάδες, σε οικόπεδο 30 στρεμμάτων που παραχώρησε στη Φ.Ε. η Κοινότητα και σε μια περιοχή με πυκνή βλάστηση και πανοραμική θέα στη λίμνη Παμβώτιδα. Έχει χτιστεί σε σχέδια τού αρχιτέκτονα Ιωάννη Λεοντόπουλου, σύμφωνα με τις επιταγές τής σύγχρονης σχολειοδομίας και λαμβάνοντας υπ’ όψιν την πλούσια αρχιτεκτονική παράδοση τής περιοχής και τα τοπικά υλικά κατασκευής.     

Η ανέγερση τού σχολικού συγκροτήματος ξεκίνησε το 2004 και το Σχολείο εγκαινιάστηκε από τον Πρόεδρο τής Ελληνικής Δημοκρατίας Κάρολο Παπούλια τον Φεβρουάριο τού 2010.   

Το σχολικό έτος 2009-2010 το Αρσάκειο Ιωαννίνων ξεκίνησε τη λειτουργία του με Νηπιαγωγείο και Δημοτικό Σχολείο, ενώ το σχολικό έτος 2013-2014 λειτούργησε για πρώτη φορά το Αρσάκειο Γυμνάσιο. Οι πρώτοι απόφοιτοι του Σχολείου αποφοίτησαν από το Λύκειο το 2019.     

Το σχολικό έτος 2021-2022 θα είναι αρκετά διαφορετικό για τους μαθητές του Αρσακείου Γυμνασίου και Αρσακείου Λυκείου Ιωαννίνων, ανοίγοντάς τους νέους ορίζοντες και χαράζοντας νέες προοπτικές έρευνας, μάθησης και γνώσης∙ Η χρονιά θα ξεκινήσει σε ένα νέο, υπερσύγχρονο κτήριο.

Οι εργασίες κατασκευής του νέου κτηρίου ξεκίνησαν τον Αύγουστο του 2019 και έχουν ήδη ολοκληρωθεί. Το κτήριο περιλαμβάνει οκτώ αίθουσες διδασκαλίας, εργαστήρια πληροφορικής και τεχνολογίας, γραφεία, χώρους υγιεινής, καθώς και βοηθητικές εγκαταστάσεις που υποστηρίζουν τη λειτουργία του σχολείου.

Η νέα πτέρυγα κατασκευάζεται με δωρεά του ΙΣΝ και, με την ολοκλήρωσή της, θα φέρει τιμητικά το όνομα του Ιδρύματος Σταύρος Νιάρχος.

Όραμα των Αρσακείων Σχολείων Ιωαννίνων είναι να συμβάλουν στην παιδευτική και την πνευματική ανύψωση τής ευρύτερης περιοχής, δίνοντας τη δυνατότητα σε παιδιά τής πόλης των Ιωαννίνων, αλλά και των γύρω περιοχών, να αποκτήσουν την αρσακειακή παιδεία και αγωγή η οποία φωτίζει και καθοδηγεί τους μαθητές μας και την ελληνική κοινωνία από το 1836, δηλαδή περισσότερο από 180 χρόνια.    

Τα Αρσάκεια Ιωαννίνων, στελεχωμένα με έμπειρο διδακτικό προσωπικό προερχόμενο από την τοπική κοινωνία, αποτελούν ένα μοναδικό κέντρο γνώσης και πολιτισμού, αντάξιο τής ιστορίας τόσο των ίδιων των Σχολείων όσο και τής περιοχής τής Ηπείρου