Το Διοικητικό Συμβούλιο της Φ.Ε. αποφάσισε το 1989 τη δημιουργία Αρχείου. Ένα μεγάλο μέρος του τότε υπάρχοντος αρχειακού υλικού μεταφέρθηκε σε ειδικό κτήριο στο χώρο των Σχολείων Ψυχικού, γεγονός το οποίο συνέβαλε αποφασιστικά τόσο στην καταγραφή και ταξινόμησή του όσο και στη διάθεσή του σε ερευνητές. Το υπόλοιπο βρίσκεται στα γραφεία της Εταιρείας και στο Ναό της Αγίας Αναστασίας των Αρσακείων Ψυχικού. Με τη δημιουργία του Αρχείου αποκαλύφθηκε αφενός η ποσότητα, η ποικιλία και η αξία των αρχειακών κειμένων και κειμηλίων που καταγράφουν την πορεία, εξέλιξη και δραστηριότητα της Φ.Ε., αφετέρου η προσφορά ενός Σχολείου, το οποίο έχει ταυτιστεί με την εκπαίδευση των γυναικών - και όχι μόνο - στην Ελλάδα. Στο Αρχείο της Φ.Ε. έχει αποτυπωθεί ένα μεγάλο μέρος τής ιστορίας της Νεοελληνικής Εκπαίδευσης. Πιο συγκεκριμένα, σ' αυτό περιλαμβάνονται:
- βιβλία και έντυπα εκδόσεων τής Φ.Ε.
- τα Αρχεία των Παιδαγωγικών Ακαδημιών των Αρσακείων Ψυχικού και Πατρών.
- φωτογραφίες από πάσης φύσεως σχολικές εκδηλώσεις (οι πρώτες είναι του 1886) καθώς και οι Εικόνες από την Παλαιά και Καινή Διαθήκη, τις οποίες παρήγγειλε η Φ.Ε. ως εποπτικά μέσα για το μάθημα των θρησκευτικών το 1887.
- μητρώα, προγράμματα, ημερολόγια, εσωτερικοί κανονισμοί και Βιβλία των Σχολείων της Φ.Ε.
- έλεγχοι, τίτλοι σπουδών, μαθητολόγια όλων των εκπαιδευτικών βαθμίδων.
- αφίσες, προγράμματα και προσκλήσεις από τις σχολικές δραστηριότητες.
Η ψηφιοποίηση τού Αρχείου της Φ.Ε παρουσιάζεται στη διεύθυνση: archive.arsakeio.gr
