Στα Αρσάκεια Σχολεία Θεσσαλονίκης λειτουργούν εργαστήρια Φυσικής, Χημείας και Βιολογίας που στεγάζονται σε ειδικά διαμορφωμένες και εξοπλισμένες αίθουσες. Στα εργαστήρια καλλιεργείται και προάγεται η εφαρμοσμένη διδασκαλία των αντίστοιχων αντικειμένων και είναι δυνατή η παράλληλη άσκηση των μαθητών κατά ομάδες. Εξυπηρετούν τάξεις 30 μαθητών. Στα σχολεία μας το πείραμα κεντρίζει το ενδιαφέρον των μαθητών, τους βοηθάει να συσχετίσουν τη θεωρία τής επιστήμης με την πράξη, να εμπεδώσουν τη θεωρία, να αναπτύξουν την παρατηρητικότητά τους, να συγκρίνουν γεγονότα και να βγάλουν συμπεράσματα.

Στο Αρσάκειο Δημοτικό λειτουργεί πλήρως εξοπλισμένο εργαστήριο Φυσικών Επιστημών, όπου οι μαθητές των Ε’ και ΣΤ’ τάξεων διεξάγουν πειράματα με απλά υλικά καθημερινής χρήσης, παρατηρούν και εξηγούν τα φυσικά φαινόμενα που αφορούν στο μάθημα «Ερευνώ και ανακαλύπτω». Με αυτό τον τρόπο απομυθοποιείται η επιστήμη και μετατρέπεται σε καθημερινή δραστηριότητα αναζήτησης και απάντησης ερωτημάτων.

Στο Γυμνάσιο και Λύκειο λειτουργούν: α) Εργαστήριο Φυσικής και Χημείας με πλήρη εξοπλισμό οργάνων και αναλώσιμου υλικού, με παροχές νερού και τροφοδοτικό πολλαπλών ηλεκτρικών τάσεων συνεχούς και εναλλασσόμενου ρεύματος, απαγωγό. Διαθέτει σύγχρονα οπτικοαουστικά μέσα καθώς και σύνδεση με το διαδίκτυο, ώστε το μάθημα να υποστηρίζεται από τη σύγχρονη τεχνολογία. Στο εργαστήριο διεξάγονται πειράματα Μηχανικής, Ηλεκτρομαγνητισμού, Θερμοδυναμικής, Οπτικής και πλήθος πειραμάτων Χημείας. β) Εργαστήριο Βιολογίας, το οποίο είναι εξοπλισμένο με σειρά μικροσκοπίων, συλλογή μόνιμων παρασκευασμάτων, προπλάσματα και εργαστηριακά μέσα και στο οποίο διεξάγονται αποκλειστικά πειράματα Βιολογίας.

Στα εργαστήρια γίνεται πλήθος πειραμάτων πέρα των υποχρεωτικών από το ΥΠΕΠΘ εργαστηριακών δραστηριοτήτων. Ο προγραμματισμός και σχεδιασμός των πειραμάτων γίνεται από τον υπεύθυνο καθηγητή τού εκάστοτε εργαστηρίου και από τους διδάσκοντες των αντίστοιχων μαθημάτων με τη συνδρομή τού μόνιμου παρασκευαστή, έτσι ώστε να διασφαλίζονται οι εκπαιδευτικοί και παιδαγωγικοί στόχοι τού εργαστηρίου.