Η Φιλεκπαιδευτική Εταιρεία έχει καθιερώσει τον θεσμό των υποτροφιών στους μαθητές της, με σκοπό να καταστεί δυνατή η φοίτηση στα Αρσάκεια σε παιδιά με καλή σχολική επίδοση από οικογένειες που αντιμετωπίζουν οικονομικά προβλήματα.
Οι υποτροφίες που δόθηκαν για τα σχολικό έτος 2013-2014 ανήλθαν στο ποσό των 897.500 ευρώ. Συγκεκριμένα υποβλήθηκαν 962 αιτήσεις για υποτροφίες μαθητών πρωτοβάθμιας και δευτεροβάθμιας εκπαίδευσης που φοιτούν σε όλα τα Σχολεία τής Φ.Ε. (Ψυχικού, Εκάλης, Πάτρας, Θεσσαλονίκης και Ιωαννίνων). Από αυτές ικανοποιήθηκαν οι 815, δηλαδή ποσοστό 85%.