Με την κήρυξη τού πολέμου στις 28 Οκτωβρίου 1940 το Αρσάκειο Ψυχικού επιτάχθηκε και μετατράπηκε σε νοσοκομείο. Στο δάσος εγκαταστάθηκαν στρατιώτες σε ΤΟΛ και στον στίβο γράφτηκε με μεγάλα γράμματα ο αριθμός 401, ώστε να φαίνεται από ψηλά ότι πρόκειται για νοσοκομείο και να μη βομβαρδιστεί.
Τα μαθήματα συνεχίστηκαν στο Αρσάκειο Μέγαρο, στην Αθήνα, και σε άλλα μισθωμένα κτήρια. Πολλές Αρσακειάδες, παράλληλα με τα μαθήματά τους, κατετάγησαν στον Ερυθρό Σταυρό και προσέφεραν τις υπηρεσίες τους ως νοσοκόμες στους τραυματισμένους στρατιώτες.
Η επίταξη τού Σχολείου κράτησε μέχρι το 1953, οπότε το κτήριο τού Ψυχικού, με ενέργειες τού προέδρου Παναγιώτη Πουλίτσα, επεστράφη στη Φιλεκπαιδευτική Εταιρεία και ξαναλειτούργησε ως σχολείο.
Αρσάκειο Ψυχικού